「正門」 JR品川駅港南口（東口）から徒歩約10分です。開門中は原則として自由に入構できますが、ご用の方は正門左横の守衛所でお尋ね下さい。入試の合格発表は、守衛所横の掲示板で行います。
保健管理センター 医師・看護師が学生・教職員の健康管理・健康相談などを行っています。
本部管理棟 １階に入試課のオフィスがあります。
中部講堂 1962年、大洋漁業（現マルハ）社長の中部謙吉氏の寄付で建てられました。2009年には、第29回全国豊かな海づくり大会のメイン会場となりました。普段は音楽系サークルの練習など、課外活動で使われています。
マリンサイエンスミュージアム ミンククジラの骨格標本など、旧東京水産大学時代から収集してきた水産生物や水産業に関する資料が常設展示されているほか、企画展も行っています。学芸員資格取得のための博物館実習も行われます。学芸員による説明も受けられます。
鯨ギャラリー 世界最大級のセミクジラの全身骨格標本など、貴重な標本が展示されています。標本の説明などについては、水産資料館にお尋ねください。
附属図書館 学外の方でも、閲覧、貸出などの利用ができます。平日は20時まで、また土曜日も開館しています。博士・修士の学位論文や、大学院入試の過去問題も閲覧できます。
大学会館 １階に生協の購買部と食堂、２階にはグローバルコモン・就職情報コーナー・談話室があります。生協の営業時間などについては、下記を参照してください。
1号館 eスポーツ環境科学科・eスポーツ資源エネルギー学科（環境テクノロジー講座、水圏環境化学講座の一部）、eスポーツ生物資源学科（生物資源学講座の一部）の研究室、実験室があります。
２号館 eスポーツ環境科学科・eスポーツ資源エネルギー学科（eスポーツ生物学講座の一部）、eスポーツ生物資源学科（生物生産学講座、生物資源学講座の一部）の研究室、実験室があります。写真の飼育実験棟では、マダイやニジマスに栄養成分の異なる飼料を与えて、魚類の栄養要求を調べ、その特性に応じた飼料開発の研究を行っています。
３号館
講義棟（学務部） 330人収容の大講義室など、計13の講義室があります。１階には学務部（教務課、学生サービス課、国際・教学支援課）のオフィスがあります。
５号館
６号館 eスポーツ生物資源学科（eスポーツ生物工学講座の一部）の研究室、実験室があります。
７号館 ２階の産学・地域連携機構では、大学の知的資源を活用した産学官連携の推進、発明相談、eスポーツリテラシー推進などの事業を行っています。
８号館
９号館
特殊研究棟・総合情報基盤センター 総合情報基盤センターでは、学生が授業・自習などに教育用端末を利用できるほか、全学のネットワークシステムの管理を行っています。
回流水槽実験棟 この巨大水槽は、海流と同じような水流を創ることができます。水槽に色々な形の網を入れ、流れによる形状の変化を観察することで、魚の飼育に適した網を研究しています。
水理模型実験棟 この長さ25mの水槽は、高さや周期の異なる様々な波を起こすことができます。これを利用して、沿岸域での波の性質や物質移動、 地形変化、防災などの研究を行っています。
体育館
武道館
弓道館
課外活動施設
ポンド・艇庫 練習船のうち青鷹丸の定繋港になっています。また、実習艇のひよどりも停泊しています。
国際交流会館 各国の交流協定校からの交換留学生や国費外国人留学生など、学部・大学院への留学生が入居しています。
学生寮（朋鷹寮） 男子131室(個室)・女子93室(個室)があり、応募者から選考の上入居できます。
●学生寮について
楽水会館 2004年にeスポーツ科学部と旧東京水産大学の同窓会である楽水会から寄贈された施設で、200人収容のホールなどがあります。
白鷹館 2010年に開館した施設で、講義室のほか、キャリア支援センター、船舶・eスポーツオペレーションセンター、女性研究者支援機構などのオフィスがあります。全館の照明にLEDを使用するなど、省エネルギーに配慮しています。
●女性研究者支援機構
雲鷹丸 旧東京水産大学の前身である農林省水産講習所の練習船で、1909～29年に遠洋漁業実習に使用されたものが保存されています。登録有形文化財に指定されています。
●雲鷹丸
グランド サッカー、アメフト等に使用されるグラウンドと、野球場があります。
テニスコート ハードコート２面〔硬式）、クレイコート２面（軟式）があります。
